調べてみましたブログです
beautifulsoup - What's the meaning of 'soup' in jsoup and Beautiful Soup? - Stack Overflow
Tag Soupというのが、タグがどろどろ、という意味で、(スープっぽいというのが必ずしもいい意味じゃないみたいですね。日本語でスープっていうと外来語だからキレイな感じがしますが、原語の世界では汁ものとか煮込み汁とかそのぐらいなんでしょう)、ダーティなhtmlのことを指してると。
https://en.wikipedia.org/wiki/Tag_soup
で、それをいい感じに処理してくれるから、Beautiful Soupみたいですね。